Orphelin, Peter Parker est élevé par sa tante May et son oncle Ben dans le quartier Queens de New York. Tout en poursuivant ses études à l'université, il trouve un emploi de photographe au journal Daily Bugle. Il partage son appartement avec Harry Osborn, son meilleur ami, et rêve de séduire la belle Mary Jane. Cependant, après avoir été mordu par une araignée génétiquement modifiée, Peter voit son agilité et sa force s'accroître et se découvre des pouvoirs surnaturels. Devenu Spider-Man, il décide d'utiliser ses nouvelles capacités au service du bien. Au même moment, le père de Harry, le richissime industriel Norman Osborn, est victime d'un accident chimique qui a démesurément augmenté ses facultés intellectuelles et sa force, mais l'a rendu fou. Il est devenu le Bouffon Vert, une créature démoniaque qui menace la ville. Entre lui et Spider-Man, une lutte sans merci s'engage .

Ecartelé entre son identité secrète de Spider-Man et sa vie d'étudiant, Peter Parker n'a pas réussi à garder celle qu'il aime, Mary Jane, qui est aujourd'hui comédienne et fréquente quelqu'un d'autre. Guidé par son seul sens du devoir, Peter vit désormais chacun de ses pouvoirs à la fois comme un don et comme une malédiction. Par ailleurs, l'amitié entre Peter et Harry Osborn est elle aussi menacée. Harry rêve plus que jamais de se venger de Spider-Man, qu'il juge responsable de la mort de son père. La vie de Peter se complique encore lorsque surgit un nouvel ennemi : le redoutable Dr Octopus. Cerné par les choix et les épreuves qui engagent aussi bien sa vie intime que l'avenir du monde, Peter doit affronter son destin et faire appel à tous ses pouvoirs afin de se battre sur tous les fronts .